纠纷
从第一部署名出版物开始，于正即陷入了版权纠纷。
2003年，上影集团资深编剧贺子壮邀请于正对作家傅星已完成的剧本进行改编：“那时候他没日没夜写东西，我觉得他是挺有实干精神的。在十几年前已经很有商业头脑了，写东西比别人更符合市场。”然而改编完成后，于正以自己一人署名出版了图书《带我飞，带我走》，此事惹恼了原著作者傅星。于正原想赔一万元了事，面对傅星追问，最终告饶并提出愿意赔偿傅星三万元。
于正给傅星写了一份“道歉赔款”的字条，保证再不犯此类错误。但那三万元至今未到傅星手中，傅星也没有继续追究。这种状况似乎成为他此后一种常态，因为版权纠纷，于正总在被质疑，却似乎从未真正付出违规成本，相反却得到了更多的关注。
2006年的《大清后宫》是于正在剧本上被指责抄袭的开始，播映时，编剧于正成了焦点，媒体质疑其“是否涉嫌抄袭”，他以“集大成”回应：“我当初创作时就将《大清后宫》定位为一部集大成的作品，囊括了《金枝欲孽》《大长今》《冬季恋歌》等经典剧的成功之处，目的就是挑战《金枝欲孽》创造的收视奇迹”。
“集大成”逐渐成为于正和外界讲述自己创作思路的核心，《大清后宫》也一直是他对自己多年来创作的叙述中最重要的转折：
“我以前创作的时候，特别大的痛苦就是素材少。你写什么，自己很得意，却发现人家都写过了。我每部戏开头都会有一些特别的情节是以前没有过的，比如胭脂雪的开头，男主角钓鱼把范冰冰钓上来了。但这种情节对我来说很少，为什么我的写作那么难呢？在写《大清后宫》的时候我也遇到了瓶颈，自己很得意的片段很快和电视上播出的很雷同。”
他引用了一位著名文学家的故事来解释自己的抄袭：“但有一天我看到林语堂的笔记，林语堂说他想翻译红楼梦没有翻译成功，他就照着红楼梦的框架翻译了京华烟云。那个时候你就在想，大千世界的故事就这么多，没有什么新意的，关键是你要传达的感觉是对的。我觉得人物好看是真的，故事都是一样，所有的戏别人都写过了，无非生老病死，这个桎梏一旦脱开了，我的创作就顺利了很多。”
那以后，他成为了一年能出三部戏以上的高产编剧。
在这之前，他看不上网络小说，“中国小说只读二月河的”——于正曾声称自己要改编二月河的三部历史小说，还有回忆录“我喜欢看德龄的《御香缥缈录》《宫女谈往录》和《我在慈禧身边的日子》。”
