辗转万里，无一损毁
为了迎接这批文物，南京开始修建中央博物院和朝天宫的文物仓库。但文物到达南京浦口时，朝天宫的仓库还没有建好。于是，南迁文物在浦口装船又到了上海，存放在某银行的金库。大约一年后（1936年），朝天宫的仓库基本建好了，南迁文物从上海运回到了南京。然而，战争全面爆发、战火迫在眉睫，在1937年12月南京城失守前夕，这批远道而来的文物被迫分三路踏上了向西南的路途。除了这批经南京最后抵达四川的文物，还有一批文物，经西安、汉中一线，翻越秦岭天堑，最终也到了四川。在祖国的大西南，这些国宝级的文物度过了一段相对安稳的日子。抗战结束后，分放在西南3处的文物先于1946年集中于重庆，后于1947年运回南京。
在长达十余年的战争期间，13427箱故宫文物，从北平到南京，由南京“分流”到贵州、四川，抗战胜利后重庆聚首，又重返南京，由于故宫博物院的工作人员不畏艰难险阻，尽职尽责，南迁文物数量虽巨，却没有一件丢失和损伤。路途漫漫，战火纷飞，如何保证一箱不差？这首先得益于故宫一套规范的文物清点、核对制度。“南迁”之前，故宫人对每一件运出的文物，全部重新清点、核对、编号、造册。由专家、行政人员和领导组成5～6人小组，按照青铜、瓷器、书画、玉器等门类分头进行，记录人、审核人、唱票人、监理人都要签字。随5批文物一同离开北平、走完全程“南迁”路的，还有20位故宫人。其中，包括马衡、庄尚严、那志良等近10位故宫专家，还有工人、眷属一大批。
只有2成运到了台湾
1948年底，解放战争胜利在即，国民政府令故宫博物院将刚刚安放到南京的文物又以军舰转运台湾。事实上，这次并不是所有的南迁文物都运到了台湾，故宫博物院经过挑选，分三批只由南京运到了台湾2972箱，数量有60万件左右。其中珍品有甲骨档案2万多片，瓷器2万多件，铜器一万多件。铜器中有商周到春秋战国时期的青铜器4300多件，如商代蟠龙纹盘、兽面纹壶、西周毛公鼎等。
解放后，留在南京的的大批故宫博物院文物，在1951年以后开始被运回北京故宫博物院，合计一万多箱。但是，文物“北返”的工作陆陆续续，到了“文革”就停止了，如今，在南京，仍保存有2211箱清宫旧藏文物。这两千多箱文物，具体包括什么东西？据人民文学出版社2010年9月出版的长篇纪实文学《承载》记载：“共计10万余件，主要包括清宫旧藏的官窑瓷器9万多件，铜佛像1332件，御笔135件，清朝皇室历代祖先牌位74件，还有部分香炉、玉册和铜仙鹤等物。”《承载》中还指出，“文革”结束后，故宫博物院和南京博物院对这批文物的最终归属权问题一直争议不断。
