她的婚姻，从一开始就麻烦连连。1897年，他们的儿子诺曼（Norman）降生了。随后，一家人启程前往荷属东印度群岛（Dutch East Indies），玛嘉蕾莎在当地军事驻地待了四年。1898年，女儿诺恩（Non）降生后，灾难也随之而至。不知出于什么原因，保姆给诺曼和诺恩下了毒，诺曼不幸身亡，诺恩则幸存了下来。1900年，尽管丈夫约翰退役后可以靠军队抚恤金维持生活，但是夫妻两人还是因此闹得很不开心，于是就回了荷兰。两年之后，他们离婚了。
直到现在，传记作家能找到的，也只有玛嘉蕾莎1917年间谍审讯时的审问记录，以及法国军事档案保留的她在狱中写的信件。新的书信集《别把我想得那么坏：成为玛塔·哈理之前（1902-1904）》（Don't Think That I'm Bad: Margaret Zelle Before Mata Hari）揭露了这位被称为“食人花”的女子——她在米兰斯卡拉大剧院（La Scala）、巴黎歌剧团以及欧洲的私人沙龙上有过舞蹈演出——私底下其实极度厌恶性爱。她写道：“我永远无法忘记我的丈夫给我的性生活留下的阴影。”确实，在荷属东印度群岛的那段日子，夫把梅毒传染了给她。为了预防性病，女儿诺恩还要接受汞治疗。
1902年离婚后，女儿的监护权判给了玛嘉蕾莎。因为约翰拒绝支付抚养费，玛嘉蕾莎写信给了调解人，约翰的堂兄爱德华（Edward）。这次通信，其实是玛嘉蕾莎绝望下的举动，失去了家族的依靠，加上很多工作女性都不能从事，她已经没有别的办法了。她忍痛把女儿诺恩送回前夫家，只身前往巴黎。后来她在信中写道：“我觉得所有离开了丈夫的女人都会去（巴黎）。”
