面对指责坚定反驳
《公民凯恩》成为舆论猛烈攻击的对象。宝琳·凯尔（Pauline Kael）那篇刊登在《纽约客》（New Yorker）文章称《公民凯恩》是一部“肤浅的‘大作’”、“漫画水平的悲剧”，并且指责威尔斯尝试抹去曼凯维奇先生、豪斯曼先生、摄影师和格莱格·托兰德（Gregg Toland）对该片的贡献。豪斯曼先生对此做出了部分反驳，他说在电影创作方面威尔斯是老师，他是学生。还有许多威尔斯的推崇者们对此作出详细反驳，其中最有名的是导演彼得·博格丹诺维奇（Peter Bogdanovich）。
结果凯尔女士的文章没有达到质问威尔斯的目的。威尔斯的捍卫者承认威尔斯脾气暴躁导致豪斯曼先生的离开，但同时也肯定威尔斯一向毫不吝啬对同事们的赞美。
更严重的是，赫斯特新闻集团被指阻止《公民凯恩》的上映，并且长期禁止旗下出版物提及威尔斯和他的电影，不允许旗下出版物刊登《公民凯恩》的评论以及广告。赫斯特新闻集团向雷电华提出支付雷电华拍摄该电影的全部费用以及额外给予一部分盈利，总计支付总额约100万，代价就是雷电华必须销毁该电影的原盘以及所有拷贝。
这当然被拒绝了。但在1941年《公民凯恩》上映时，评论却毁誉参半，而很多年后这部电影才赚回本钱。威尔斯凭借该电影获得奥斯卡的最佳原创剧本奖，同时被提名为最佳导演和最佳男主角。
与此同时，威尔斯正在筹划他的第二部电影《伟大的安伯森家族》（The Magnificent Ambersons）。完成拍摄工作之后，他接受了政府的邀请，飞往里约热内卢（Rio de Janeir）参与制作一部关于狂欢节（Mardi Gras）的纪录片。待他回国时，发现迫不及待的雷电华已经完成了《伟大的安伯森家族》的全部剪辑。
吸引投资难上加难
威尔斯因此伤心不已，放弃了电影的所有权。电影公司坚称，之所以这样做是因为威尔斯能力不足，花费高昂，无法保证完成日期。这种看法为很多记者所鼓吹，因此威尔斯很难为自己的电影找到投资。
威尔斯和他的支持者们反驳称他电影的成本一直都很低，有时更是节省到极点，而且他的拍摄日程十分紧凑。也有人承认，威尔斯从不会对自己的作品满意，他几乎神经质的抗拒观看自己完成的电影，在仓库里还有好些未完成的作品。
1940年，完成《伟大的安伯森家族》后，不知疲倦的威尔斯返回百老汇导演改编自理查德·赖特（Richard Wright）的《土生子》（Native Son），该剧大获成功。随后他为政府制作了一系列战时宣传片。1942年，他制作并出演了惊悚片《长夜漫漫路迢迢》（Journey Into Fear），该片并没有获得成功。1943年，他参演电影版《简·爱》（Jane Eyre），在剧中饰演罗彻斯特先生。
威尔斯因扁平足而没有成功参军入伍，于是他转向担任魔术师——这是他的另一个才能，在欧洲战区巡演。其中的一场表演中，他把玛琳·黛德丽（Marlene Dietrich，著名影星）“砍成”两半。战后，他回到美国。1946年，他改编并出演科尔·波特（Cole Porter）版本的《八十天环游地球》（Around the World in 80 Days），该剧广受评论家好评，但票房惨淡。他为该剧制作投入自己的35万美元全部打了水漂。
1946年，他还执导和出演了好莱坞的谍战悬疑片《陌生人》（The Stranger）。1948年，他制作导演并且和丽塔·海华斯（Rita Hayworth，著名影星）出演了《上海来的女士》（The Lady From Shanghai）。
